Wilayah Desa Penungggul terletak pada wilayah dataran sedang Dengan kordinat antara 60 m di atas permukaan laut , dengan luas 1,57 km2 atau 157 ha, dengan batas-batas wilayah, sebagai berikut:
- Sebelah Utara : Selat Madura
- Sebelah Timur : Tambak Rejo ( Batas Kab. Probolinggo )
- Sebelah Selatan : Nguling
- Sebelah Barat : Mlaten
Pusat pemerintahan desa Penungggul terletak di dusun Pesisir RT.01/RW.02 Penungggul dengan menempati areal lahan seluas 142 ha.
Peta Desa: